Úterý 8. července 2014. - Tým vědců z Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) se zúčastnil mezinárodního výzkumu, který identifikoval 518 nových mikrobakterií, dosud zcela neznámých, v lidské mikrobiotě (střevní flóře).
Výzkum, ve kterém vědci použili nový přístup k bioinformatické analýze, také rozšířil katalog známých mikrobiálních genů z 3 na 10 milionů.
Výsledky tohoto výzkumu, publikovaného v neděli v časopise Nature Biotechnology, jsou součástí evropského projektu MetaHIT (Metagenomics Human Intestinal Tract), který má 11, 4 milionu EUR, aby prozkoumal vztah lidského mikrobiomu ke zdraví a nemocem. . Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) je jedním z 13 účastnících se tohoto projektu - a jediným španělským střediskem - pod vedením Dr. Francisco Guarnera, který vysvětlil, že ne všechny studované vzorky mají tuto počet neznámých druhů.
Vzorky střevní flóry některých jedinců mají jen velmi málo z těchto druhů, a když byly podrobně analyzovány, viděli, že jsou vzorky pacientů s Crohnovou chorobou. „To naznačuje, že tyto druhy, dosud neznámé, jsou pravděpodobně ty, které dělají rozdíl mezi mikrobiotou zdravých lidí a bakterií nemocných, “ oznámil Guarner.
Podle výzkumníka tyto údaje otevírají strategie, aby se pokusily obnovit tyto druhy pomocí nutričních intervencí: podávání vlákniny, prebiotika, která pomáhají selektivnímu růstu některých druhů nebo probiotik.
Tyto neznámé bakterie jsou pravděpodobně tzv. „Dobrými bakteriemi“, protože nejsou typickými bakteriemi, které způsobují infekci, ani nejsou známy nebo izolovány dříve. Podle Guarnera nemohou být objevené bakterie izolovány, protože „téměř určitě by nepřežily mimo tlusté střevo, aby mohly být transplantovány.“
Osoba pověřená prací a výzkumným pracovníkem VHIR skupiny fyziologie a trávicí patofyziologie naznačila, že objevené nové druhy „nejsou kultivovatelné, jsou velmi citlivé na kyslík, to znamená, že jsou velmi přísnými anaeroby a vytvářejí velkou závislost na svém prostředí, aby byly schopny přežít. “ „Ze stejného důvodu, když jsme šli do databází, nenašli jsme ani stopu, a dosud jsme o nich nevěděli nic, “ řekl Guarner.
Objev byl možný díky novému přístupu k bioinformatické analýze, který těmto druhům umožnil „vynořit se“.
"V současnosti - podle Guarnera - je známo pouze 10% sekvenovaného genetického materiálu s 95% spolehlivostí. Zůstává tak velká šedá oblast, na které se právě pracuje."
Studie zjistila 741 různých metagenomických druhů, pojmenovaných pro nemožnost jim přiřadit jméno. Na rozdíl od databází vědci zjistili, že 115 těchto druhů již bylo známo, zatímco 518 není známo; zbývajících 108 je částečně známo.
„Teď víme, jak vypadá genom těchto metagenomických druhů, ale ne jejich jména a příjmení, “ vysvětlil Guarner.
Existuje malé množství, jehož druh není znám, ale jejich pohlaví nebo rodina, ke které patří, a přibližně 200 metagenomických druhů popsaných nelze klasifikovat žádným způsobem, protože více než 80% jejich genů je zcela neznámých dnes
Podle vědců jsou mikroorganismy, které žijí u lidí, asi 100 miliard, což je desetkrát více, než je celkový počet lidských buněk.
Počáteční výsledky téhož projektu v roce 2010 poukázaly na 3 300 000 různých genů, které byly přeloženy do 20 000 různých funkcí, z nichž 5 000 dosud nebylo zcela známo.
Každá osoba má asi 600 000 těchto mikrobiálních genů a 300 000 se neustále opakuje mezi všemi jedinci. "V této nové studii je počet vynásoben třemi a je dosaženo 9 879 896 různých genů, " řekl Guarner.
Zdroj:
Tagy:
Krása Překontrolovat Sex
Výzkum, ve kterém vědci použili nový přístup k bioinformatické analýze, také rozšířil katalog známých mikrobiálních genů z 3 na 10 milionů.
Výsledky tohoto výzkumu, publikovaného v neděli v časopise Nature Biotechnology, jsou součástí evropského projektu MetaHIT (Metagenomics Human Intestinal Tract), který má 11, 4 milionu EUR, aby prozkoumal vztah lidského mikrobiomu ke zdraví a nemocem. . Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) je jedním z 13 účastnících se tohoto projektu - a jediným španělským střediskem - pod vedením Dr. Francisco Guarnera, který vysvětlil, že ne všechny studované vzorky mají tuto počet neznámých druhů.
Vzorky střevní flóry některých jedinců mají jen velmi málo z těchto druhů, a když byly podrobně analyzovány, viděli, že jsou vzorky pacientů s Crohnovou chorobou. „To naznačuje, že tyto druhy, dosud neznámé, jsou pravděpodobně ty, které dělají rozdíl mezi mikrobiotou zdravých lidí a bakterií nemocných, “ oznámil Guarner.
"Dobré bakterie"
Podle výzkumníka tyto údaje otevírají strategie, aby se pokusily obnovit tyto druhy pomocí nutričních intervencí: podávání vlákniny, prebiotika, která pomáhají selektivnímu růstu některých druhů nebo probiotik.
Tyto neznámé bakterie jsou pravděpodobně tzv. „Dobrými bakteriemi“, protože nejsou typickými bakteriemi, které způsobují infekci, ani nejsou známy nebo izolovány dříve. Podle Guarnera nemohou být objevené bakterie izolovány, protože „téměř určitě by nepřežily mimo tlusté střevo, aby mohly být transplantovány.“
Osoba pověřená prací a výzkumným pracovníkem VHIR skupiny fyziologie a trávicí patofyziologie naznačila, že objevené nové druhy „nejsou kultivovatelné, jsou velmi citlivé na kyslík, to znamená, že jsou velmi přísnými anaeroby a vytvářejí velkou závislost na svém prostředí, aby byly schopny přežít. “ „Ze stejného důvodu, když jsme šli do databází, nenašli jsme ani stopu, a dosud jsme o nich nevěděli nic, “ řekl Guarner.
Různé metagenomické druhy
Objev byl možný díky novému přístupu k bioinformatické analýze, který těmto druhům umožnil „vynořit se“.
"V současnosti - podle Guarnera - je známo pouze 10% sekvenovaného genetického materiálu s 95% spolehlivostí. Zůstává tak velká šedá oblast, na které se právě pracuje."
Studie zjistila 741 různých metagenomických druhů, pojmenovaných pro nemožnost jim přiřadit jméno. Na rozdíl od databází vědci zjistili, že 115 těchto druhů již bylo známo, zatímco 518 není známo; zbývajících 108 je částečně známo.
„Teď víme, jak vypadá genom těchto metagenomických druhů, ale ne jejich jména a příjmení, “ vysvětlil Guarner.
Existuje malé množství, jehož druh není znám, ale jejich pohlaví nebo rodina, ke které patří, a přibližně 200 metagenomických druhů popsaných nelze klasifikovat žádným způsobem, protože více než 80% jejich genů je zcela neznámých dnes
Osoba má 600 000 mikrobiálních genů
Podle vědců jsou mikroorganismy, které žijí u lidí, asi 100 miliard, což je desetkrát více, než je celkový počet lidských buněk.
Počáteční výsledky téhož projektu v roce 2010 poukázaly na 3 300 000 různých genů, které byly přeloženy do 20 000 různých funkcí, z nichž 5 000 dosud nebylo zcela známo.
Každá osoba má asi 600 000 těchto mikrobiálních genů a 300 000 se neustále opakuje mezi všemi jedinci. "V této nové studii je počet vynásoben třemi a je dosaženo 9 879 896 různých genů, " řekl Guarner.
Zdroj:
